2002 - 2012
2002/03: Ganador de la final por el segundo ascenso de la Primera B Nacional (ascenso a Primera División)
En la temporada 2002/03, tras un año con altibajos, Quilmes asciende a Primera División. Logra obtener el tercer puesto de la tabla general y disputa la final por el segundo ascenso ante Argentinos Juniors, al que le gana por 1 a 0 en Quilmes con gol del defensor Agustín Alates y, en Caballito,Buenos Aires (en el estadio de Ferro), empata sin goles.2003/04: Quinto puesto de tabla general en Primera "A" (clasificación a Copa Libertadores de América)
Al año siguiente (temporada 2003/04), en Primera División, Quilmes pelea el torneo Apertura con Boca, pero se cae en las últimas fechas. Además, cosecha 60 puntos entre los campeonatos Apertura y Clausura, lo que lo clasifica a la primera fase de la copa Libertadores de América.En 2005, disputa la Copa Libertadores por segunda vez en su historia. Vence, en primera ronda, a Colo-Colo (Chile) por sistema reglamentario. Empata 0 a 0 en Quilmes. En Santiago, en el estadio Monumental, empata 2 a 2 (goles de Diego Torres y Riffo, en contra, para Quilmes). Los goles como visitante, en el reglamento de la Libertadores, valían doble, por lo que el Cervecero clasifica al grupo 3, integrado por San Pablo (Brasil), Universidad de Chile (Chile) y The Strongest (Bolivia).
2010/2011: Ascenso a Primera "A"
Quilmes ascendió a la Primera ''A'' en la temporada 2009/2010 junto a Olimpo de Bahía Blanca (Ascenso Directo) y All Boys (Ascendido tras ganarle la promoción a Rosario Central) para jugar la temporada 2010/2011, pero 1 año después regresó a la B tras perder 1-0 contra Olimpo de Bahía Blanca y All Boys terminando con las chances de Quilmes de seguir en primera.2011/2012: Un nuevo ascenso
Luego de lo que fue un nuevo descenso para Quilmes, ya se prepara para una temporada histórica: la 2011/12 en el que la disputaban otros equipos como River, Rosario Central, Gimnasia LP y Huracán. Por ese entonces, su entrenador Ricardo Caruso Lombardi pidió por la llegada de refuerzos con experiencia en la categoría. Sin embargo, los sondeos de otros clubes por el entrenador hicieron que el gran artífice de este equipo fuese su sucesor Omar De Felippe quién siempre respetó la línea de juego que tenía el equipo. El 23 de junio Quilmes le gana 2 a 0 a Brown de Madryn con dos goles de Martín Cauteruccio y con esa victoria logra volver a Primera División después de un año de ausencia. De esa manera, Quilmes terminó redondeando una gran temporada siendo subcampeón sacando nada más y nada menos que 72 puntos. En esos 72 puntos logró 20 victorias, 12 empates y solo 6 derrotas. Además siendo el equipo con más diferencia de gol (+41) y el equipo con la valla menos vencida (21). Equipo que logró el noveno ascenso en su historia: Emanuel Trípodi, Germán Mandarino, Sebastián Martínez, Joel Carli, Claudio Corvalán, Pablo Garnier, Lucas Rimoldi, Jacobo Mansilla, Martín Cauteruccio Y Ezequiel Rescaldani y contando con su nuevo gran ídolo Miguel ''El Chino'' Caneo.