1978 - 2001
1978: Campeón Metropolitano
En 1978, Quilmes ganó el campeonato Metropolitano del fútbol argentino. Se consagró al vencer en la última fecha a Central en Rosario por 3 a 2, el 29 de octubre. Los goles fueron marcados por Luis Andreuchi (dos, ambos de penal) y Jorge Gáspari. Peleó palmo a palmo con Boca Juniors durante toda la temporada, y le sacó ventaja en las últimas tres fechas.
El plantel era dirigido por José Yudica y entre sus máximas glorias están el goleador Luis Andreuchi, el defensor Horacio Milozzi y el máximo ídolo cervecero de todos los tiempos: Omar Hugo ''Indio'' Gómez. El Presidente de la institución era Julio Cassanello (quien luego fuera intendente del partido durante la dictadura militar) y fue uno de los protagonistas en el armado del plantel y alma mater José María ''El Gordo'' Algañaraz.
En 1979, por primera vez en su historia, disputó la Copa Libertadores de América. Integró el grupo junto a Independiente (Argentina), Deportivo Cali (Colombia) y Millonarios (Colombia). Días antes del debut ante los argentinos, logró que se habilitara su estadio de Guido y Sarmiento para jugar como local. Luego de disputar seis partidos, no logró clasificar a la siguiente ronda.
En 1980, Quilmes desciende a Primera B tras una mala campaña.
1981: Subcampeón de Primera B (ascenso a Primera División)
Al año siguiente, en 1981, Quilmes logra el ascenso a Primera "A" junto al campeón Nueva Chicago, tras finalizar en segunda colocación.1982: Subcampeón de Primera División "A" (torneo Nacional, no clasifica a Copa Libertadores de América)
En 1982, en la primera parte del año, Quilmes realiza una de las mejores campañas de su historia y obtiene el subcampeonato en el torneo Nacional. Es vencido en la final por Ferro Carril Oeste, ya que empata sin goles en Guido y Sarmiento; y cae en Caballito por 2 a 0. En la segunda parte del año, Quilmes realiza una muy mala campaña y finaliza, junto a Unión, en el penúltimo puesto. Disputa en Junín un partido de desempate con Unión y lo pierde. De esta manera, desciende a Primera B junto a Sarmiento.
En 1986, la AFA crea el torneo Nacional "B", con el que mezclaría equipos afiliados a la AFA (metropolitanos) con instituciones que representen a las ligas del interior del país (conocidos como "indirectamente afiliados"). Quilmes no logra clasificar al Nacional "B" y por única vez en su historia disputa un torneo de tercera categoría.
1986/87: Campeón de Primera B Metropolitana (ascenso a Nacional "B")
En la temporada 1986/87, Quilmes sale campeón del torneo de Primera B (actual tercera división del fútbol argentino) y asciende al Nacional B.
El 27 de diciembre de 1987, el Presidente José Meiszner anuncia que en el barrio San Martín de la localidad de Quilmes Oeste se construiría el nuevo estadio de fútbol de la institución. Se llamaría Centenario, en referencia a los 100 años que cumplió Quilmes en esa fecha.
1990/91: Campeón de Nacional "B" (ascenso a Primera División)
En la temporada 1990/91, Quilmes obtiene el campeonato Nacional "B" y asciende a Primera División "A", tras ganarle a Almirante Brown por 1 a 0 como local, con gol de Mario Gómez.
A la siguiente temporada, Quilmes desciende al Nacional "B", tras disputar dos de los peores torneos de su historia, junto a Unión.
En diciembre de 1993, Quilmes preinaugura el estadio Centenario. Disputan un partido los campeones de 1978 junto a un equipo integrado por glorias de todos los tiempos. El 25 de abril de 1995, la institución inaugura el estadio Centenario, con un partido entre el primer equipo (reforzado con algunas figuras internacionales) y Nacional (Uruguay). En la primera fecha de la temporada 1995/96, comienza a jugar de manera oficial en el Centenario. En la primera fecha, empata sin goles ante Douglas Haig.
En las temporadas 1999/2000 y 2000/2001, Quilmes obtiene el subcampeonato de la Primera B Nacional, pero no logra ascender. Pierde finales ante Huracán, Los Andes y Banfield. Además, en ambas temporadas, pierde la promoción en sendas ocasiones con Belgrano.