1887 - 1937
Fundación
Según afirma la propia institución, sus orígenes se remontan al Quilmes and Polo Club fundado por residentes británicos alrededor de 1880, que en noviembre de 1887 pasó a llamarse Quilmes Rovers Athlétic Club. El 5 de noviembre de 1897, por iniciativa del presbítero anglicano Joseph Thomas Stevenson, se funda el Quilmes Cricket Club, a partir de 1900 (desde su afiliación a la Argentine Association Football League, antecesora de la AFA) llamado Quilmes Athlétic Club.
El historiador Jorge Gallego, del Centro para la Investigación de la Historia del Fútbol (CIHF), discrepa con esta parte de la historia. Afirma que «el Quilmes Cricket Club, fundado el 5 de noviembre de 1897, llamado Quilmes Athlétic Club desde el 14 de octubre de 1901 y, finalmente, Quilmes Atlético Club a partir del 17 de abril de 1952, fue una entidad nueva; no se originó como producto de una fusión, escisión o cambio de nombre de centros anteriores», basado en periódicos y documentos de la época. Afirma también que a finales de los años 1940 se retrocedió el origen de 1897 a 1893 y, más tarde, de 1893 a 1887. De todas formas, aún considerando una fecha de fundación diez años más tardía, Quilmes sigue siendo el club de más antigua afiliación a la AFA aún en existencia.
En la zona de Quilmes, en el momento de la fundación, sólo existía el Quilmes Lawn Tennis Club. Todos los clubes anteriores se habían disuelto, entre ellos el Quilmes Rovers (del cual obtuvo un pequeño saldo de dinero) y un Quilmes Athlétic Club anterior a la actual institución.
La reunión de fundación estuvo presidida por Sergio Quintana. En ella se eligió presidente al fundador, Galván. Éste declinó en favor de Morgan, quien pasó a ser el primer presidente de la institución.
En sus primeros años, Quilmes no aceptó socios que no fueran de origen británico. Representó, junto al Lawn Tennis, a la gigantesca colectividad de las islas que trabajaba en el Ferrocarril Sud. El club estuvo destinado a la práctica del cricket y sus colores iniciales fueron el rojo carmesí y el azul.
En marzo de 1898, el Quilmes Cricket Club incorporó el fútbol entre sus actividades, debido a que varios británicos que practicaban el pujante deporte se acercaron a inscribirse. El 14 de octubre de 1901, la institución cambió su nombre por el de Quilmes Athlétic Club (en obvia referencia a la práctica de varios deportes, y no solo del cricket). Además, cambiaron los colores por los de la camiseta de la selección inglesa (camisa blanca con puños y cuello azul marino; pantalón y medias azules). No hubo camiseta suplente.
1908: Campeón de La Copa de Honor "Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires"
La Copa de Honor "Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires" fue un torneo oficial organizado durante la etapa amateu por la entidad precursora de la Asociación del Fútbol Argentino, llamada Argentine Football Association hasta 1911; y Asociación Argentina de Football en la etapa posterior. Se jugaba por eliminación y participaban equipos de la Asociación y de la Liga Rosarina de fútbol.
El torneo, cuyo ganador obtenía el derecho a disputar la Copa de Honor Cousenier contra un representante de la Asociación Uruguaya de Fútbol, constituía la etapa argentina de dicha competencia.
Quilmes logró ganarlo en el año 1908 y fue su primer copa ganada. En el año 2013 la AFA de fútbol dió por oficial en el listado ''Copas Nacionales'' a las copas logradas por todos los equipos en aquella época, dandole a Quilmes Atlético Club esa copa oficialmente lograda en 1908.
Para los primeros tiempos del siglo XX, el club ya aceptó socios argentinos. La fundación del Club Atlético Argentino de Quilmes, de tinte nacionalista, podría declinar la popularidad de la institución. El 20 de agosto de 1908, el Quilmes Athlétic Club obtuvo personería jurídica del gobierno de la Provincia de Buenos Aires.
1912: Campeón de la Asociación Amateur
En el año 1912, Quilmes se consagró campeón del fútbol argentino. El torneo pertenece a la era amateur. El equipo estuvo compuesto por varios jugadores de origen británico que habían pertenecido al disuelto Alumni.
En 1931 el fútbol se dividió entre profesionales y amateurs. Quilmes optó por enrolarse en las filas del fútbol profesional y jugó el primer torneo en la historia del país. En el año 1937, desciende, junto a Argentinos Juniors, a la Segunda División.